1、认识基础不同

中医是建立在形象思维基础之上，采用“三维空间”思维，利用人体的直觉、体验找出系统之间的内在联系，并在此基础上建立了防病治病学说。西医发展建立在形式逻辑基础之上，采用“二维空间”思维，利用抽象思维和试验，建立了对人体局部功能，病因和治疗方法的认识。

2、观察方法不同

中药是通过人体直接“感悟”，建立了与宏观天体、人体有形系统、动植物等药物在内联系基础上的经验总结。西医药是利用解剖、分解、分析等方法在显微镜下观察微观物质的经验总结。

3、中西药功效认识途径不同

中药是“神农尝百草”开始的，不仅体验对局部疾病疗效的认识，也体验了对人体整体阴阳平衡的作用，建立既考虑局部治疗功效，又考虑整体平衡的“君臣佐使”的中医药理论体系。

西药功效是从 实验室开始通过动物试验，临床观察取得对局部疾病治疗作用的认识。

4、中西医药认识过程不同

中医发展强调“无为”，尽量不用主观影响客观，是一个从客观经验累积到主观结论总结的过程。西医发展是与西方科学技术发展同步的，是先设立“假说”，通过推理、试验、验证“假说”成立，得出结论，是一个从主观判断到客观检验的过程。